Seminar June 20 Bioinformatics

SING-Alba-seminario-bannerNext Generation Computer Systems Group

ABSTRACT:

Actualmente, el análisis masivo de datos en áreas como la bioinformática se lleva a cabo mediante múltiples tareas pequeñas que se combinan formando los denominados pipelines computacionales, los cuales han de ser reproducibles y deben poder ejecutarse en distintos entornos con la máxima sencillez y eficiencia posibles, aprovechando de la mejor manera los recursos disponibles.

Este seminario tiene como objetivo presentar Compi (https://www.sing-group.org/compi/), una herramienta de código abierto desarrollada por el grupo SING en colaboración con la Unidad de Bioinformática del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicos. A mayores de las tareas comunes a otros “Workflow Management Systems”, Compi proporciona un control de grano fino para la ejecución parcial de pipelines y es capaz de generar automáticamente una interfaz de usuario en base a los parámetros de cada tarea, de modo que el pipeline se puede usar como una aplicación final.

Además, se presentará también Compi-hub, un repositorio público de pipelines basados en Compi.

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