Entrevista a Florentino Fernández Riverola, IP do Grupo Sistemas Informáticos de Nova Xeración (SING)

“Temos a capacidade de abordar problemas complexos e traballar en equipos onde resulta fundamental a coordinación de profesionais pertencentes a distintos ámbitos de coñecemento”

Florentino Fdez-Riverola é doutor en Enxeñería Informática e membro do Departamento de Informática da Universidade de Vigo, dende onde lidera o Grupo de Investigación en Sistemas Informáticos de Nova Xeración (SING), un grupo multidisciplinar que se focaliza na investigación e desenvolvemento de novas metodoloxías e aplicacións computacionais.

 

Cales son as principais liñas de investigación do voso grupo? Cales son os vosos principais valores engadidos como grupo de investigación?

O grupo mantén 6 liñas principais de investigación ligadas fundamentalmente á representación do coñecemento, o uso de técnicas de aprendizaxe automática (máis coñecida polo seu nome en inglés: Machine Learning), o deseño de sistemas de razoamento baseado en casos, a creación de modelos híbridos de Intelixencia Artificial, o uso de axentes e sistemas multiaxente e a creación de sistemas de soporte á decisión.

Os campos de aplicación do know-how que atesoura o grupo están relacionados con áreas tan diversas como o filtrado de contidos inadecuados en internet, a predición medioambiental, o desenvolvemento de novos métodos e workflows en bioinformática e bioloxía computacional, o soporte informático requerido para o avance en medicina personalizada e traslacional, así como en aspectos concretos da vida cotiá asistida polo entorno (AAL).

O valor fundamental do grupo de investigación, deixando a un lado a excelente cualificación profesional de todos os seus membros, é a capacidade para abordar problemas complexos e traballar en equipos onde resulta fundamental a coordinación de profesionais pertencentes a distintos ámbitos de coñecemento.

 

Máis de 170 publicacións, case 40 proxectos de investigación e máis de 50 contratos de I+D; son só algúns dos datos do voso grupo, que outros indicadores destacarías do voso potencial?

Creo que un aspecto que deixa moi claro o talante colaborativo e o compromiso coa sociedade por parte do noso grupo, máis alá dos méritos alcanzados a nivel global en investigación, é a nosa capacidade para formar profesionais altamente cualificados, así como as nosas colaboracións co movemento de software libre e/ou de código aberto.

 

Unha das vosas principais áreas de investigación é a Bioinformática, na que desenvolvestes diversas aplicacións nos últimos anos, cales foron as máis significativas?

Obviamente todas teñen a súa importancia, aínda que evidentemente o seu cometido e o número de usuarios finais que as usan varían moito duns casos a outros. Por mencionar só algunhas delas podería citar ALTER (http://sing-group.org/ALTER), que é un conversor de formatos de ficheiros de secuencias múltiples aliñadas. Pese a que poida parecer unha funcionalidade moi básica, esta ferramenta recibe unha media de 1000 visitas ao mes, e foi citada en máis de 90 traballos de investigación.

Outro exemplo podería proceder do ámbito biomédico, onde InNoCBR implementa unha ferramenta desenvolta en colaboración co Servizo de Medicina Preventiva do CHUO (Complexo Hospitalario Universitario de Ourense) que, dende fai máis dun ano, é a base do traballo deste equipo á hora de detectar casos de infección nosocomial (infeccións adquiridas no entorno hospitalario).

Por último, en relación co ámbito de minería de textos destacaría tanto BeCalm, un metaservidor de anotación biomédica, como Markyt, un toolkit open-source para a anotación, visualización e avaliación de sistemas automáticos dedicados á minería de textos biomédicos. Pese a tratarse de dous proxectos bastante recentes, presentan xa indicadores moi positivos acerca da súa calidade e utilidade. Actualmente, os servidores integrados en BeCalm dan soporte á anotación de 12 tipos de entidades de relevancia biolóxica (p. ej., xenes, proteínas, químicos e enfermidades). Só no primeiro trimestre do ano 2017, BeCalm serviu 4.092.502 peticións de anotación cun tempo medio de resposta de 3.74 segundos/servidor. Pola súa parte, Markyt dou soporte a varias aplicacións biomédicas (p. ej., investigación de resistencia antimicrobiana, etc.) e utilizouse en tarefas de avaliación promovidas pola comunidade biomédica.

 

Outra das áreas con maior potencial do grupo é a aplicación de métodos híbridos de Intelixencia Artificial á investigación traslacional. Cales son as súas principais aplicacións?

Os métodos híbridos, a aprendizaxe automática e a Intelixencia Artificial en xeral, son unha ferramenta moi útil á hora de explotar grandes volumes de datos, xa que permiten a identificación de patróns característicos de determinadas condicións de interese (p. ex., doentes sans VS enfermos). Neste senso, os métodos híbridos aportan unha maior flexibilidade, ao utilizar de forma integrada distintas técnicas para levar a cabo de forma unificada a identificación destes patróns.

Un exemplo da utilidade  real deste tipo de métodos é o propio InNoCBR, comentado anteriormente, que cada día procesa os informes procedentes de microbioloxía (laboratorio), farmacia e enfermería de todos os doentes ingresados no CHUO para identificar aqueles casos nos que é probable que se producira unha infección nosocomial.

A maiores, en relación con este tipo de métodos, tamén levamos a cabo diversos traballos como geneCBR (http://www.genecbr.org/) ou geneCommittee (http://sing-group.org/GC), nos que se explora o uso de técnicas de Intelixencia Artificial para a integración de datos de expresión génica con coñecemento biolóxico (p. ex., rutas metabólicas, xenes asociados a unha patoloxía, etc.) co fin de facilitar o diagnóstico de distintas enfermidades, principalmente cancro.

 

O voso grupo presenta unha actividade colaborativa a nivel internacional moi intensa, formando parte de diversas redes e consorcios como a Asociación Española de Intelixencia Artificial ou a plataforma Vindeira, cales son os principais froitos desta colaboración? 

Independentemente dos resultados obtidos con certo impacto científico e/ou económico, as colaboracións internacionais que mantemos permitennos estar inmersos nun proceso de actualización continua, o que resulta fundamental tanto no sector tecnolóxico como no ámbito biomédico no que nos movemos.

 

A vosa actividade na protección e transferencia de resultados tamén é destacable. Cales son os vosos principais fitos neste sentido?

O grupo conta con diversas patentes concedidas, varios rexistros da propiedade intelectual e distintas solicitudes de marcas comerciais. A maiores, mantemos un contacto directo, case diario, con distintas empresas relevantes do sector tecnolóxico, que habitualmente demandannos coñecemento específico e persoal altamente cualificado para abordar proxectos de I+D directamente no cliente.

 

Que ofrece CINBIO a un grupo como o voso de cara a maximizar o seu potencial e relevancia internacional?

CINBIO representa a oportunidade para colaborar de forma estreita con investigadores de referencia internacional no ámbito biomédico. O traballo multidisciplinar que é posible desenvolver de forma coordinada no Centro, enriquece os resultados obtidos e facilita a súa transferencia ao sector sanitario.